在60多年的办学历程中，福建医科大学多次经受住严重曲折的考验，经过几代人的不懈奋斗，发展成为一所以临床医学为重点，预防医学、口腔医学、护理学、药学等多学科协调发展，形成学士—硕士—博士人才培养体系和“勤奋、严谨、求实、创新”优良校风，集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年，福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。

福建医科大学新校区占地1060亩，一期已投资1.7亿元,完成5.6万平方米；二期5.9万平方米已动工，预算投资1.3亿元，是学校目前本部所在地。校园优美如画，被评为福建省文明学校、省直“花园式”单位。

福建医科大学现有14个学院，即基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、医学技术与工程学院、药学院、护理学院、第一临床医学院、第二临床医学院、协和临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、成人教育学院、职业技术学院和继续教育学院；2个系（部），即人文社会科学系（马列部）和体育教研部；15个本科专业（方向），即临床医学（七年制）、临床医学（五年制）、临床医学（眼与视光学专业方向）、预防医学、预防医学（检验检疫专业方向）、口腔医学、医学检验、护理学、麻醉学、医学影像学、药学、康复治疗学、应用心理学、公共事业管理和社会工作；2个高职专业；博士点12个，硕士点45个、硕士专业学位2个。目前在校研究生1264人（其中博士研究生129人），七年制本科生490人，普通本科生5532人（其中外国留学生9人，港澳台侨学生65人），高职高专学生167人，成人教育本科生1014人, 成人教育专科生2976人，基本形成了以本科教育为主，大力发展研究生教育和长学制医学教育，适度开展成人教育的办学格局。

福建医科大学现有教职医护员工5359人，其中校本部1060名。在587名专任教师中，具有研究生学位占68.14%，高级职称占49.4%。博士生导师41名，硕士生导师425名，国家有突出贡献中青年专家4人，享受国务院特殊津贴专家99人，卫生部有突出贡献中青年专家3人，福建省优秀专家16人，“百千万人才工程”第一、二层次人选3人，第三层次人选49人。吕联煌教授被省委、省政府授予“福建省杰出人民教师”光荣称号。