医科院与协和医大实行院校合一的管理体制，医科院为协和医大提供雄厚的师资和技术力量，协和医大为医科院培养高层次的人才，相互依托，优势互补，教研相长。院校设有18个研究所（以及2个分所）、５所分院、7所临床医院（含与北京市共建的天坛医院）、5所学院。

　　协和医大坚持医学精英教育，以小规模招生、高层次培养为办学宗旨，实行高进优教严出。自建校以来，八年制临床医学专业坚持实行小规模、严要求，预科、本科分段教学，导师制等独特的培养模式，在我国医学教育体系中独树一帜。

协和医大的高等护理教育创办于1920年，培养了一大批高级护理人才，她们已先后成为我国护理界的领导和中坚力量，我国第一个南丁格尔奖章获得者就出自协和医大。

1995年经国家卫生部批准，学校建立了全国首家护理学院，使护理教育有了新的发展。当前，护理教育已形成研究生、本科生、专科生和成人教育等多层次的教育体系。学校的研究生教育始于1954年，文革期间中断，1978年重新恢复。

自1981年国家实行学位制度以来，学校研究生教育有了较快的发展，是全国首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，研究生教育实行以培养博士生为主的方针。

研究生的培养方式分为以实验室科学研究能力训练为主的科学学位和以临床实际工作能力训练为主的专业学位两类，可分别授予医学博士、理学博士（哲学博士）、工学博士、医学硕士、理学硕士、工学硕士、管理学硕士等学位。

医学继续教育设置了临床医学、护理学、医学影像学和医学实验技术专业。多年来协和医大为国家培养了大批优秀的临床医学家、医学科学家、医学教育家、护理学家和医政管理学家，对我国医学教育和医学科学事业的进步和发展起着积极的推动作用，在国内外享有很高的声誉。 

　　中国医学科学院中国协和医科大学现有博士学位授权学科专业点49个，硕士学位授权学科专业点52个，18个国家重点学科，18个国家级工业试验基地及中心，4个国家重点实验室，8个部委级重点实验室，6个博士后科研流动站，10个世界卫生组织合作中心。

　　中国医学科学院中国协和医科大学图书馆藏书丰富、历史悠久，目前藏书量超过86万册，为教学、科研和医疗工作提供了宝贵的资料。2000年被指定为国家科技图书文献中心医学分中心。院校的科研实力雄厚，医学科研包括基础医学、临床医学、预防医学、药物以及与医药学有关的生物、物理、化学等相关学科，覆盖了医学科学各领域。

　　中国医学科学院中国协和医科大学拥有一大批在医学卫生领域内经验丰富、学术水平较高并做出杰出贡献的著名专家、教授。现有中国科学院院士11人和中国工程院院士15人（其中1人兼两院院士），国家级和部委级有突出贡献的中青年专家77人，教育部"长江学者奖励计划"特聘教授9人，院校特聘教授11人，博士生导师320人，硕士生导师538人。