1995年实现由教育部和上海市“共建”，1996年并入了原上海城市建设学院和上海建筑材料工业学院，被国务院领导赞为高校体制改革中的"同济模式"。

2000年4月又与上海铁道大学合并，组建成新的同济大学。目前是一所拥有理、工、医、文、法、哲、经济、管理、教育9大学科门类的综合性大学。作为研究型大学，学校是首批被国务院批准成立研究生院的高校之一；作为全国重点大学，学校被列入国家财政立项资助的"211工程"和国家教育振兴行动计划与地方重点共建的高水平大学行列。  　　同济大学现有建筑与城市规划、土木工程、经济与管理、电子与信息工程、环境科学与工程、外国语、文法、材料科学与工程、机械工程、医学、理学、交通运输、汽车、海洋与地球科学、生命科学与技术、传播与艺术、女子学院及软件等学院，还建有继续教育、高等技术、职业技术教育、国际文化交流、网络教育、汽车营销及电影学院等，学校还设有经中德政府批准合作培养硕士研究生的中德学院、与法国巴黎高科大学集团合作举办的中法工程和管理学院等。 目前学校共有81个本科专业、209个硕士点、8个硕士专业学位授权点，博士授权点78个，13个博士后流动站，各类学生5万多人，教学科研人员4200多人，其中有中科院院士5人，工程院院士7人，教授等正高级职称者530多人，副教授等副高级职称者1300多人。作为国家重要的科研中心之一，学校有国家级和省部级重点实验室和工程研究中心14个。学校还设有5个附属医院和2个附属学校。 　　同济大学在长期办学中形成了以“严谨、求实、团结、创新”为校训和“同舟共济、自强不息”的同济精神，逐步形成自身的五大办学优势：历史悠久、学风严谨、师资实力雄厚的传统优势；建筑、土木、海洋、环境、车辆、交通等水平居先的学科优势；博采众长，对德（欧）交往"窗口"的国际交流优势；立足上海、紧密结合国际化大都市发展的地域优势；直属中央、服务于全国经济建设主战场的建制优势。 　　近年来同济大学正在探索并逐步形成有自己特色的现代教育思想和办学理念。以本科教育为立校之本，以研究生教育为强校之路。确立“知识、能力、人格”三位一体的全面素质教育和复合型人才培养模式。 坚持“人才培养、科学研究、社会服务、国际交往”四大办学功能协调发展，努力强化服务社会的功能，实现大学功能中心化。以国家科技发展战略和地区经济重点需求为指针，促进传统学科高新化、新兴学科强势化、学科交叉集约化。

 　　与产业链紧密结合，形成优势学科和相对弱势学科互融共进的学科链和学科群，构建综合性大学的学科体系。在为国家经济建设和社会发展做贡献的过程中，争取更多的“单项冠军”，提升学校的学术地位和社会声誉。