目前学校设有35个本科专业，12个高职专业（其中2个与美国合办），1个一级学科博士点（交通运输工程），4个二级学科博士点，28个硕士学位点，2个专业硕士学位点（其中工商管理硕士是全国62所具有该学位授予权的高校之一，高级管理人员工商管理硕士是全国30所具有该学位授予权的高校之一）。

交通运输规划与管理、产业经济学、电力电子与电力传动、国际法学、机械设计及理论、物流管理与工程、载运工具运用工程、港口机械电子工程等学科先后成为交通部和上海市的重点建设学科。海关物流、外贸经济及海商法等专业列为上海市本科教育高地建设项目。在2004年教育部本科教学工作水平评估中学校获得优秀结论。

上海海事大学有全日制学生近1万5千人。本科生1万余人，各类在校研究生2000余人。几十年来，学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了4万余名毕业生。学校被誉为是“航运人才的摇篮”。

上海海事大学拥有一支结构比较合理、实力比较雄厚的师资队伍。全校共有教学、科研教师800余人，教授106名，具有硕士以上学位的占教师总数的比例超过60%，博士学位比例达15%。享受国家政府特殊津贴的有62人，有30余人得到国家人事部、教育部、交通部、上海市教委的人才工程（计划）资助培养。

上海海事大学实行校、院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院、物流工程学院、信息工程学院、外国语学院、海洋环境与安全工程学院和基础教学部等二级办学部门。学校拥有交通部重点实验室“航运仿真中心”，以及电子电工实验中心、数字物流研究中心等一批科研教学基地；设有水上训练基地，拥有万吨级“育锋”教学实习船，“天鹰”、“天琴”两艘无限航区远洋训练船及29艘水上训练艇。

上海海事大学设有物流研究中心、水运经济科学研究所、港口机械工程设计研究所、航海科学技术研究所、海商法研究中心、海洋文化研究所等与航运有关的科研机构，以及上海港口机械质量检测中心、全国海洋运输情报网等为航运业提供咨询与科技服务的机构。