自1997年以来，青海大学经过了四次比较大的结构布局调整，1997年10月，青海大学与青海畜牧兽医学院合并组建为新的青海大学；2000年3月，将青海省农林学校、青海省水利学校并入青海大学；2001年1月，将青海财经职业学院、青海省农林科学院、青海省畜牧兽医科学院整建制划归青海大学；2004年11月，与青海医学院整合组建为新的青海大学。

青海大学现有8个校区，占地面积2509亩，建筑面积51.9万平方米。下设教学、科研、医疗单位，有医学院、附属医院、农牧学院、化工学院、财经学院、农林科学院、畜牧兽医科学院、成教学院等八院26个系（部）、19个研究所（中心）。

青海大学面向全国招生，现有各类在校生18800多人，其中全日制本专科学生10616人，成人教育学生8092人，硕士研究生144人。全校教职工3710人，其中：正高职称146人,副高职称495人，中级职称1344人；享受政府津贴的专家35人，省级医学专家4人。学校固定资产总值4.56亿元，其中教学、科研、医疗仪器设备值1.51亿元；图书馆藏书101万余册；公开出版《青海大学学报》、《青海大学医学院学报》、《青海畜牧兽医杂志》、《青海农林科技》等学术期刊。

青海大学现有50个本科专业，13个硕士点。学科主要涵盖工、农、医、商四大学科门类。学科专业设置与青海四大支柱产业（电力、石油天然气、盐湖化工、有色金属）和四大优势产业（冶金、医药、建材、农畜产品加工）密切相关。有农学、动物医学、动物科学、草业科学、水利水电、机械制造与自动化、化学工程与工艺、基础医学、藏医学、高原医学、预防医学等11个省级重点学科和肿瘤外科、血液科、心血管内科、皮肤科、肿瘤内科5个省级医学重点学科。有高原动物疾病、化工原理、先进材料与应用技术、春油菜育种、水利水电、高原建筑材料6个省级重点实验室和肿瘤妇科、脾胃专科两个省级特色专科。有高原生物技术1个省部共建教育部重点实验室。

青海大学立足本省资源优势和工农业生产的实际，在柴达木盐湖化工、石油化工资源开发利用、黄河水电资源开发、高原农作物栽培、藏医药、高原医学与地方病防治、高寒草地畜牧业可持续发展等方面形成了自己独有的学科优势和办学特色，为国家培养输送了38000多名各级各类专业技术人才。

随着西部大开发战略的实施，青海大学在高层次应用型人才资源开发中将进一步发挥不可替代的重要作用。1999年被省委省政府确定为省内重点建设的大学，2000年又被国家确定为重点支持的西部地区高校之一，2001年国家教育部指定清华大学对口支援青海大学，2004年成为省部共建大学。